Moene er professor ved UiO fra 1987. Hans viktigste arbeidsfelt har vært fordelingsspørsmål og sammenlikning av økonomiske institusjoner, særlig i arbeidsmarkedet. Han er kjent som en original tenker med en spiss penn. Han skriver jevnlig kronikker i Dagens Næringsliv. Siden 2002 har Moene vært knyttet til Centre for the Study of Civil War ved Institutt for fredsforskning.